液氮程序降温仪采用液氮作为冷源，加热盘管作为热源，通过反馈温度控制系统，控制液氮给进电磁阀和加热功率综合调节腔体的温度情况，使温度按照设定程序进行低温冷冻保存。

1. 降温过程中为了避免污染被降温的生物样品，感热元件（主要是热电偶）要么安装在生物样品容器表面，读取的实际是样品外部温度，会造成读取生物样品温度的误差；要么就采取热电偶侵入一组样品内部（冻存袋或者冻存管），这样热电偶的重金属会污染被侵入的样品内部的细胞悬浮液，造成被测温的一组样品报废，从而形成浪费。
2. 由于液氮程序降温仪使用液氮喷洒达到降温效果、同时使用设备内的电钨丝加热升温的工作方式以达到精准控制样品温度。由于液氮程序降温仪是使用反馈控制方式精确控制的液氮喷口的电磁阀会频繁的进行开、断操作，这样会极大降低电磁阀的寿命。此外。因此会使诸如电磁阀、电钨丝、液氮喷口和设备的密封材料等原件经历的温差变化，导致它们非常容易损坏。
3. 液氮程序降温仪采用淋洒的方式进行降温的过程中由于腔体设计原因，液氮喷嘴、加热盘管、热电偶位置相差较大，存在温度调节的滞后性和腔体温度的不均一，生物样品的温度调节
4. 设备的造价昂贵：一套设备价格在２０万以上，日常降温过程中需要耗费大量的液氮（根据河北省干细胞库提供的数据，按照仅仅１台设备，按照每天降温３次计算，每年需要消耗5万多元的液氮），此外还存在设备的保养费昂贵（１５００元／年）、后续维修费也很贵（仅更换液氮喷头就需要2万元／只）。这些不利的因素导致了液氮程序降温仪使用成本过高。
5. 在液氮程序降温仪工作期间，需要工作人员全程职守在液氮程序降温仪。边上，防止出现液氮喷口堵塞或者液氮耗尽等情况发生。整个降温过程操作人员不能离开仪器，耗时耗力。